تجمع هذه الطبقة مداخل الذرات في كتب الأطلس. الذرة هنا ادعاء صغير قابل للتتبع: فكرة محددة، ومعها درجة توثيق وموضع استناد داخل الكتاب.
بحسب الكتاب
- الإسلام والإنسان
- الإسلام والإيمان
- الدولة والمجتمع
- الدين والسلطة
- السنة الرسولية والسنّة النبوية
- القرآن في الفكر المعاصر
- القصص القرآني ج1
- القصص القرآني ج2
- الكتاب والقرآن
- أم الكتاب وتفصيلها
- تجفيف منابع الإرهاب
- دليل القراءة المعاصرة للتنزيل الحكيم
- نحو أصول جديدة للفقه الإسلامي
موقعها في الأطلس
تعرض الذرة جوابًا محددًا عن فكرة واحدة: هل يثبتها شحرور نصيًا؟ هل هي خلاصة مباشرة أم تركيب بين مواضع؟ وتفتح الروابط الخلفية صلتها بالمفهوم أو الكتاب أو موضع الاستناد إلى الآية.